E’ noto a tutti che il virus pandemico H1N1v si origina da un triplo riassortimento: in altri termini è il risultato di una combinazione di diverse linee evolutive (umane e animali). Di questo lungo percorso sotterraneo che ha portato alla nascita del virus pandemico sappiamo abbastanza, ma non quanto servirebbe per avere un esauriente «ritratto di famiglia». Gli otto geni che compongono il genoma di H1N1v provengono da tre linee: una è l’influenza umana H1N1 (che oggi circola ancora nella versione «stagionale»), una seconda viene dall’influenza suina H1N1 (chiamata anche «classica» che colpisce frequentemente gli allevamenti americani) e infine una terza che a sua volta è un mix di caratteristiche dell’influenza suina europea e asiatica combinata con una variante aviaria. Insomma, semplificando molto l’albero genealogico dell’attuale virus pandemico, abbiamo un triplo riassortimento.

Bisogna precisare che l’albero filogenetico che vedete qui sopra è disegnato rispetto alle «parentele» della emoagglutinina (HA), una delle due proteine di superficie del virus responsabile dell’aggancio con la cellula dell’ospite (quindi la principale arma di contagio del virus). Queste complesse relazioni fra vari tipi di virus ne indicano il passato, ma sono anche un’indicazione di cosa ci potrebbe attendere nel prossimo futuro. Infatti nel settembre del 2009 un lavoro pubblicato sul Journal of Virology puntava il dito sulla cosiddetta «coinfezione», ovvero sulla possibilità che un ospite fosse colpito contemporaneamente da due distinti virus influenzali. Questa è la condizione ottimale per il riassortimento, ma non necessariamente porta alla nascita di un nuovo virus dai due che hanno infettato l’ospite ed è presumibile che tale evento sia raro. Il lavoro pubblicato sul Journal of Virology nasceva proprio dalla necessità di capire meglio le potenzialità di questo «incontro» e il gruppo di ricercatori che lo firma riferisce di aver esaminato le sequenze virali presenti in alcuni individui. L’analisi ha portato a stabilire che in un singolo paziente c’è un livello piuttosto elevato di infezioni miste, ad esempio di diverse linee dello stesso sottotipo influenzale o addirittura di virus diversi (A e B). Un secondo lavoro, stavolta pubblicato sul numero di settembre di BMC Medicine rivelava un altro tassello importante del puzzle, ovvero la probabile circolazione del nuovo virus pandemico umano in popolazioni animali. Gli autori scrivevano che per quanto nella stragrande maggioranza dei casi H1N1v abbia dato luogo a forme influenzali «mild» c’era sempre la possibilità di forme di riassortimento nelle specie animali da allevamento. Per stabilire quanto e come il virus influenzale umano  potesse colonizzare gli animali «da cortile» i ricercatori hanno utilizzato un modello matematico che simulasse in Vietnam lo sbarco di H1N1v in diverse specie.

Il grafico qui sopra indica quanto tempo deve trascorrere prima che H1N1v dall’umano possa colonizzare una nuova specie a partire dalle probabilità di «contatto» tra l’uomo e gli animali che alleva. Polli, anatre e maiali vengono infettati dal virus influenzale umano più o meno contemporaneamente, ma ovviamente i maiali sono la specie da tenere maggiormente sotto controllo perché dispongono sia dei recettori umani per l’influenza che di quelli aviari, quindi è la specie dove è più probabile che si presenti un riassortimento. Ora il gruppo di Malik Peiris dell’Università di Hong Kong ha trovato il primo caso di un virus influenzale suino che attraverso il riassortimento ha incorporato un gene del virus pandemico umano H1N1v. Il ricercatore sostiene che l’evento era largamente aspettato e il fatto che sia stato trovato ad Hong Kong dipende da un sistema di sorveglianza particolarmente efficiente. Il nuovo virus è stato scoperto nel macello di Sheung Shui il 7 gennaio durante un’ispezione di routine. Il capo proviene da una regione della Cina, che confina con Hong Kong, e che viene considerata il più grande fornitore dell’ex colonia britannica che peraltro ospita il più grande mercato asiatico di carne. L’Agenzia sanitaria di Hong Kong per le malattie infettive ha emesso un comunicato nella tarda serata di ieri in cui, in maniera piuttosto scarna, si dà notizia della scoperta. Il gruppo di Peiris ha effettuato le prime analisi e ha potuto stabilire che il nuovo virus è «sensibile» ai trattamenti antivirali attualmente utilizzati.  L’Agenzia comunica che ha diramato un warning per gli addetti degli allevamenti e dei macelli chiedendo loro di curare l’igiene personale, di utilizzare maschere e guanti protettivi. Attualmente solo un terzo degli operai che lavorano nella catena alimentare sono vaccinati per l’influenza pandemica (ammesso che questa precauzione abbia rilevanza nei confronti del nuovo virus). Una comunicazione è stata inviata anche alle autorità della provincia cinese da dove il maiale proviene e risulta che siano state rafforzate le procedure di controllo alla frontiera. Le domande a cui per ora non c’è ancora risposta sono molte: non si conosce l’infettività del nuovo virus né tanto meno la sua virulenza, se è in grado di introdurre una catena di trasmissione interumana, non si sa neanche qual è il gene di H1N1v che è stato incorporato nella versione suina. E’ abbastanza probabile che il gruppo di Peiris abbia inviato un lavoro a qualche rivista scientifica dove forse avremo risposte ad alcune di queste domande.

Un lavoro appena pubblicato sui Pnas riferisce di un riassortimento operato in laboratorio fra H5N1 (la cosiddetta «influenza aviaria») e un H3N2 stagionale. I risultati spiegano bene cosa ci si può attendere dall’incontro fatale tra due virus, per quanto si tratti di un evento studiato in condizioni artificiali.